1. Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia

10. Dinas Komunikasi dan Informatika

11. Dinas Lingkungan Hidup

12. Dinas Pariwisata

13. Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang

14. Dinas Pemadam Kebakaran dan Penyelamatan

15. Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa

16. Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak, Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana

17. Dinas Pemuda dan Olahraga

18. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu

19. Dinas Pendidikan dan Kebudayaan

2. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik

20. Dinas Perhubungan

21. Dinas Perikanan

22. Dinas Perindustrian, Perdagangan, Koperasi dan Usaha Mikro

23. Dinas Perpustakaan dan Kearsipan

24. Dinas Perumahan Rakyat, Kawasan Permukiman dan Pertanahan

25. Dinas Sosial

26. Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi

27. Inspektorat Daerah

28. Kecamatan Bunguran Barat

29. Kecamatan Bunguran Batubi

3. Badan Penanggulangan Bencana Daerah

30. Kecamatan Bunguran Selatan

31. Kecamatan Bunguran Tengah

32. Kecamatan Bunguran Timur

33. Kecamatan Bunguran Timur Laut

34. Kecamatan Bunguran Utara

35. Kecamatan Midai

36. Kecamatan Pulau Laut

37. Kecamatan Pulau Panjang

38. Kecamatan Pulau Seluan

39. Kecamatan Pulau Tiga

4. Badan Pengelola Perbatasan Daerah

40. Kecamatan Pulau Tiga Barat

41. Kecamatan Serasan

42. Kecamatan Serasan Timur

43. Kecamatan Suak Midai

44. Kecamatan Subi

45. Satuan Polisi Pamong Praja dan Perlindungan Masyarakat

46. Sekretariat Daerah

47. Sekretariat DPRD

48. RSUD

5. Badan Pengelolaan Keuangan dan Pendapatan Daerah

6. Badan Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan Daerah

7. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil

8. Dinas Kesehatan

9. Dinas Ketahanan Pangan dan Pertanian